Die Juko leitet und organisiert im Grundsatz sämtliche Belange der Junioren/Juniorinnen des FC Muri. Ihr obliegt die Ausarbeitung der Ausbildungsphilosophie sowie die Organisation und Koordination des gesamten Trainings- und Spielbetriebes der Junioren/Juniorinnen. Sie schafft ein Umfeld, in dem die Trainer mit ihren Mannschaften optimal trainieren können und das Wohl und die individuelle Förderung jedes Juniors/Juniorin berücksichtigt wird. Dabei soll der Spass am Fussball oberste Priorität haben. Die Juko bildet das Bindeglied von der Juniorenabteilung zum Hauptverein und ist mit dem Hauptverantwortlichen, dem Juniorenobmann, im Vorstand vertreten. Die Juko trifft sich 3-4 pro Jahr.